La ciudad de València acogió los días 8 y 9 de julio de 2006 la primera visita apostólica a España de Benedicto XVI desde que accedió al pontificado en 2005. Posteriormente, sólo hizo dos visitas más a España: a Barcelona y Santiago de Compostela en 2010, y a Madrid en 2011.

Benedicto XVI permaneció dos jornadas para clausurar el V Encuentro Mundial de las Familias,  que fue convocado por su predecesor, Juan Pablo II. En su homilía en la misa conclusiva del encuentro, el Pontífice señaló que “en la cultura actual se exalta muy a menudo la libertad del individuo concebido como sujeto autónomo, como si se hiciera él sólo y se bastara a sí mismo”.

También destacó que “la familia cristiana transmite la fe cuando los padres enseñan a sus hijos a rezar y rezan con ellos; cuando los acercan a los sacramentos y los van introduciendo en la vida de la Iglesia; cuando todos se reúnen para leer la Biblia, iluminando la vida familiar a la luz de la fe y alabando a Dios como Padre”. Y añadió que “la Iglesia no cesa de recordar que la verdadera libertad del ser humano proviene de haber sido creado a imagen y semejanza de Dios”.

“Para avanzar en el camino de madurez humana, la Iglesia nos enseña a respetar y promover la maravillosa realidad del matrimonio indisoluble entre un hombre y una mujer, que es, además, el origen de la familia. Por eso, reconocer y ayudar a esta institución es uno de los mayores servicios que se pueden prestar hoy día al bien común”, concluyó.

La primera parada de Benedicto XVI en la ciudad, el 8 de julio de 2006, fue en la estación del metro de Jesús donde fallecieron 43 personas en el trágico accidente de la línea 1. El Santo Padre ya había enviado el mismo día del accidente un mensaje de condolencia por la tragedia - impartió “la Bendición Apostólica como signo de fe y esperanza en Cristo resucitado”-  y, por ello, se dirigió directamente desde el aeropuerto hasta la estación del metro de Jesús para rezar por las víctimas. 

Por su parte, el arzobispo de València, Enrique Benavent -entonces Obispo auxiliar de València- ofició una eucaristía en la Basílica de la Virgen el mismo día del accidente del metro por los fallecidos y sus familias tras haber participado en el rezo del Rosario junto al también Obispo auxiliar de València - actual Obispo de Lleida- Salvador Giménez.

En su homilía, el obispo Benavent señaló que “ser cristiano es eso: compartir los momentos de alegría, pero también los de tristeza en torno a la eucaristía, que es una fuente de fe y esperanza” .

El Santo Cáliz, en la consagración 
El Papa visitó la Capilla del Santo Cáliz, en la Catedral, para venerar la reliquia y firmó en el Libro de Honor así como en el de la Basílica y en la plaza de la Virgen sorprendió diciendo unas palabras en Valènciano.

El 9 de julio presidió la misa conclusiva del Encuentro Mundial de las Familias, donde empleó la reliquia del Santo Cáliz para la consagración que también Juan Pablo II había empleado en 1982 en la ordenación sacerdotal de 141 seminaristas entre ellos el Arzobispo de València. 

El papa Benedicto XVI, días después del encuentro, envió un mensaje a la Archidiócesis de València para expresar  “mi más sentida gratitud. Correspondo a ello pidiendo al Señor que continúe haciendo muy fecundo su ministerio pastoral en esa amada Iglesia valentina, con tan gran historia y tan rica en valores cristianos”, y añadió que “le ruego que haga llegar mi gratitud también a todos los diocesanos, especialmente a quienes tanto han colaborado en la preparación y desarrollo de este gran evento, a la vez que imparto de corazón la Bendición Apostólica a los pastores y fieles de esa archidiócesis. Benedictus PP. XVI”.